1972年、東日本フェリーグループとして創立。当初は貨物フェリーで運航していたが、2000年10月の海上運送法の改正により一般旅客定期航路の許可を得て旅客航路事業も開始した。2008年12月、従来から運航していた函館 - 青森航路のほか1航路の運営を東日本フェリーより継承した。2009年、津軽海峡フェリー㈱に社名変更。