前身はシーコムフェリー株式会社だが、シーコムと、イ・アイ・イ・インターナショナルとの関係を解消し、マリンエキスプレスに社名変更された。1997年には東京湾アクアライン開通により木更津航路を廃止。その後2004年8月には原油価格高騰などの煽りを受け業績が悪化、分社化を実施し宮崎カーフェリーを設立。経営が悪化していた京浜航路はマリンエキスプレス、大阪・貝塚航路は宮崎カーフェリーの運航となった。マリンエキスプレスについては2005年6月の川崎港発の宮崎港行き（京浜航路）の最終航海をもって自社運航していた航路は全て休止、2005年12月には、マリンエキスプレスの所有していた資産の売却、譲渡が始まり、特別清算が開始されている。なお分社化された宮崎カーフェリーの事業は引き続き行われている。
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