1795年に木造船の造船所として設立、1872年には蒸気機関を搭載した鉄製の船の建造に着手。1873年には最初の3隻を、翌年には初の客船となるトリートン（Triton）を進水させた。19世紀を通じ400隻以上を建造、第一次世界大戦前には、21世紀まで航行を続けた1909年のプリンツ・ハインリヒ（ドイツ語版）と1913年のゲッツェンが建造されている。
第一次世界大戦を乗り切り、1934年に建造され2012年まで使用された検査船エムス（ドイツ語版）を含む船舶を建造した他、漁船、灯台船、巡視船、沿岸用客船などに事業を集中した[8][4]。第二次世界大戦が終結すると、貨客船、LPG船、RO-RO船、家畜運搬船（英語版）、クルーズ客船と事業を広げた。1975年には、エムス川沿岸からパーペンブルク近郊へ移転している。1987年には、世界最大となる屋内造船ドックを建設した。その後、2001年には、さらに規模を拡大した第二の屋内造船ドックを設けている。1997年、ロストックのネプトゥーン・インドゥストリー・ロストックとグループ化した。2003年には500人もの大量解雇が発生した。これは、2001年に発生したアメリカ同時多発テロ事件の影響でクルーズ客船の新規受注の見通しが立たなくなったことが背景にある。2014年8月には、フィンランド政府と共同でSTXヨーロッパからトゥルクのSTXフィンランドの造船所を買収。株式の取得比率はマイヤー・ヴェルフトが70%、フィンランド政府が30%。諸手続が完了次第、「マイヤー・トゥルク造船」に社名を変更する予定。
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